Det er ikke så svært. Hvis du vil have eksterne links i din header navigation kan du putte dem først eller sidst. Det er det nemmeste.
En header menu ser typisk således ud (der skal selvfølgelig skarpe parenteser omkring, men forummet kan ikke lide kode i indlæg):
[ul]
[?php wp_list_pages('sort_column=menu_order&depth=1'); ?]
[/ul]
menu_order er den siderækkefølge du vælger, når du opretter de enkelte sider. Depth-værdien gør, at det kun er forældre der listes. Det er hvor "dybt" sidehierarkiet vises. I dette tilfælde kun første niveau.
Et eksternt link kan du smide ind før eller efter:
[ul]
[?php wp_list_pages('sort_column=menu_order&depth=1'); ?]
[a href osv.][li]
[/ul]
Bemærk at wp_list_pages selv smider li-tags på, så det skal du ikke lave.
En headermenu skal man sjældent lave meget om på, når den først er lavet, så der er ingen grund til at gøre sig afhængig af et plugin. På et eller andet tidspunkt holder plugin'et op med at virke eller konflikter med noget andet osv. Som du selv har oplevet. Plugins kræver nogle gange en del vedligeholdelse, selvom det er blevet noget nemmere på det sidste.
Plugins er en af WordPress' største styrker, men jeg prøver at undlade at bruge dem til småting jeg lige så godt selv kan lave i templaten.