Du kører med standardlayoutet med fast bredde. Den er 960px i Mystique. Prøv at tilpasse størrelsen på dit logo, så den bliver 960px. Jeg har lige prøvet, og det virker her (i al fald på min WP 3.0 RC1-installation). Måske er det banalt, men husk at trykke på Gem ændringer, når du har indsat filnavnet.
Det burde ikke have nogen betydning, om du bruger gif, jpg eller png.
Hvis du vil være sikker på, at permissions er ok, så upload dit billede til mediebiblioteket. Så sørger WordPress for, at permissions er sat rigtigt (ellers kan du slet ikke uploade).
Mystiques billeder ligger i mappen mystique/images. Jeg tror, at hvis du lægger egne filer der, at der skal være read permissions for owner, group og public. Det kan du ændre med FileZilla, er jeg sikker på. Mit gæt er, at du kan højreklikke på filen og vælge Properties, Permissions eller noget i den retning.
Hvis du lægger billeder i den mappe, skal du huske at have en kopi og uploade den på ny, hvis du opdaterer Mystique.