Hej Aris
Principperne for WP 2.8+ / WPmu med whitelisting m.m. er forklaret i Codex til temaudviklere under opgradering til WP 2.8. Man bruger HTML-formularer og gemmer indstillingerne enten via WP's options-interface eller ved selv at styre MySQL-adgangen via wpdb-objektet.
Der er flere temaer, der har gode opsætningssider, som du kan prøve at kigge på. I WordPress' Themes Repository kan du søge på theme options. Du kan også se nogle stykker ved at følge dette link: http://wordpress.blogos.dk/s%C3%B8g-efter-downloads/?dltag=tema-indstillinger
Fx temaet Vigilance har en flot side med Ajax-indstillinger.
Ellers må du prøve at Google. Held og lykke.
PS: Hvis du lader dig inspirere af fx Vigilance, så er det en god idé at med en reference et eller andet sted. Som man siger i den akademiske verden, rig bliver man sjældent, så æren er det eneste, der er at værne om! Det gælder også Open Source-udvikling.